El mar de la isla japonesa de Yonaguni es un popular sitio de buceo durante los meses de invierno debido a su gran población de tiburones martillo. En 1986, mientras buscaba un buen lugar para ver tiburones, Kihachiro Aratake, director de la Asociación de Turismo Yonaguni-Cho, observó algunas formaciones en el fondo marino que se asemejaban a estructuras arquitectónicas.
Poco después, un grupo de científicos dirigidos por el profesor y doctor Masaaki Kimura de la Universidad Ryukyus visitó las formaciones. A medida que equipos de buzos especializados se extendieron por la costa sur de Okinawa utilizando patrones de búsqueda en la red, encontraron cinco sitios arqueológicos sumergidos cerca de tres islas. Las ubicaciones varían en profundidades de 5 a sólo 30 metros bajo el nivel del mar.
El proceso reveló muchos descubrimientos sorprendentes, incluyendo lo que parece ser un enorme arco o portal de enormes bloques de piedra que parecían encajar perfectamente, habitantes de ángulo recto, tallas y lo que parecían ser escaleras, calles pavimentadas y encrucijadas, y grandes escaleras que conducen a plazas rodeadas de pares de características altas que se asemejan a postes.
Su estructura principal se llamaba el «Monumento Yonaguni», superficialmente tiene la apariencia similar a una plataforma o una pirámide de escalones. Ha sido comparado con varias estructuras piramidales y templos en las Américas, como el antiguo «Templo del Sol» en Machu Picchu, Perú.
El Dr. Kimura se refiere al Monumento a Yonaguni y sus estructuras relacionadas como «terraformadas», es decir, recursos geológicos naturales que han sido manipulados o modificados por manos humanas.
El Monumento Yonaguni tiene más de 50 metros de largo en dirección este-oeste y más de 20 metros de ancho en dirección norte-sur. Su cima está a unos 5 metros bajo el nivel del mar, mientras que la base está aproximadamente 25 metros por debajo de la superficie. Es una estructura asimétrica con lo que parecen ser pasos de piedra titánicos expuestos en su cara sur. Estos pasos van desde menos de un metro hasta varios metros de altura.
Al ver las fotografías del Monumento yonaguni, muchas personas tienen la impresión inmediata, debido a la regularidad de las caras de piedra de los escalones y los ángulos agudos hechos por la roca, que es una estructura artificial, creada por alguna civilización antigua desconocida.
Kimura estimó que el monumento debía datar de las 8.000 a.C., un período en el que estaría por encima del agua y por lo tanto asumió que el sitio podría ser un remanente del mítico continente perdido de Mu.
Muchos eruditos se negaron a aceptar que las ruinas son de edificios hechos por humanos. Las formas geométricas, ángulos muy ciertos, se atribuyeron a «agentes naturales». El geólogo Robert Schoch, de la Universidad de Boston, es uno de los científicos que cree que las estructuras se formaron naturalmente, reconociendo que pueden haber sido utilizadas o modificadas por humanos en el pasado. Señala el hecho de que el sitio está en una región sujeta a terremotos y que los terremotos tienden a fracturar rocas de forma regular.
Sin embargo, otros investigadores afirman que el fondo del mar de Yonaguni es la tumba de una civilización próspera posiblemente mucho más antigua que Sumeria.
Los defensores del origen artificial, como el investigador Graham Hancock, también argumentan que si bien muchas de las características vistas en Yonaguni también se ven en formaciones naturales de arenisca en todo el mundo, es muy poco probable que concentre tantas formaciones peculiares en un área tan pequeña. También señala la relativa ausencia de bloques sueltos en las zonas planas de la formación, que se esperaría si estuvieran formados únicamente por la erosión natural y la fracturación.
El 4 de mayo de 1998 un terremoto golpeó parte de la isla y ruinas de Yonaguni, el terremoto reveló nuevas estructuras similares a los ziggurats de Mesopotamia. Se encontraron marcas en las piedras que muestran el trabajo realizado en ellas, incluyendo muescas. También se encontraron herramientas y una pequeña escalera. La hipótesis de la formación natural en Yonaguni se volvió, entonces, inverosímil.
Hasta hace 6.000 años, las ruinas eran eerland, vinculadas al continente. El aumento del nivel del mar a lo largo de los años ha sumergido territorios como los de las costas de Yonaguni. Los estudios geológicos calcularon la edad de estos monumentos como de 11.000 años de antigüedad, lo que los colocaría como uno de los edificios más antiguos del planeta.
Hancock traza paralelismos entre Yonaguni y otras ruinas sumergidas encontradas bajo las aguas del lago Titicaca y en Dwarka, en la costa de la India, que ofrecen más evidencia de la existencia de un vasto mundo submarino que contiene estructuras que se remontan a los primeros días de la humanidad y afirma: «Fueron las estructuras sumergidas de Japón las que primero me despertaron ante la posibilidad de que un inframundo de la historia , no reconocido por los arqueólogos, podría ser escondido y olvidado bajo el mar.»
Los investigadores continúan investigando estos mundos submarinos únicos y desconcertantes con respecto a cómo se relacionan con nuestro pasado antiguo y para desentrañar los misterios que rodean sus verdaderos orígenes.